Vertikalus šilumokaitis yra kompaktiškesnis, nei horizontalus, bet ir brangesnis. Jo įrengimui nereikia didelio ploto, tačiau reikia specialios gręžimo įrangos. Norint sumontuoti vertikalų šilumokaitį, reikia naudoti specialią gręžimo įrangą. Šulinio gylis, priklausomai nuo technologijos, gali siekti 50-200 m, tačiau jo tarnavimo laikas yra iki 100 metų. Šis metodas yra ypač aktualus planuojant geoterminį miesto ar užmiesčio namo šildymą su gerai įrengta gretima teritorija, jis leidžia išlaikyti kraštovaizdį beveik nepažeistą.